微生物存在自然界,在演化或生態扮演重要特殊角色,與所有生物、人類息息相關,適切加以利用可以增加正向功能。近代對微生物的研究,使人類可以了解諸多微生物之特性,在疾病的預防、治療、食品加工、工業領域的應用有很大進步。隨著分子生物學、生物技術的發展與基因體的解序,透露出的生物資訊,使微生物的了解為深入。利用微生物的生物資訊與生物技術,以生物技術改造微生物再加利用,可能是未來的趨勢,亦具開發的潛力。
傳統微生物的利用,大致自土壤、環境中篩選具特定功能、可供利用的微生物,再加以培育利用;部分可在實驗室中予以適當誘導突變、篩選功能強化之菌株再加利用。微生物製劑的開發與應用即基於此概念。微生物製劑可作為食品加丄製劑,可作為工業利用,例如利用纖維分解微生物可以分解纖維之功能,用在造紙工業或織布之纖維處理,亦可作為畜牧飼料之添加物,增加纖維分解,促進牲畜之纖維分解能力與吸收;亦可作為生物肥料,促進耕地殘留纖維分解,以利作物生長;另外如溶磷菌之利用,藉其特殊酸之功能以分解土壤中之不溶磷酸鈣、磷酸鋁等礦物質為可溶性有機磷,一則減少土壤中不溶性磷的累積、減少對土壤的傷害,亦可釋出可溶性磷或有機磷供作物生長之需,如此可減少磷肥施用,甚至利用此類微生物分解無機磷礦轉為可溶性磷或有機磷,此類微生物即可作為微生物肥料之用。
唯以微生物為微生物製劑仍存潛在危險因子,因為大多數微生物具潛在病原性,可能具致病性。在大自然環境中,微生物存在的生態平衡系統中,各類微生物皆可生存其中,唯生物之數量可能僅維持低量生存狀態,如果製成微生物製劑使用,短時間可能施用菌種大幅增生,間接破壞其間微生物生態平衡系統,雖時間可以漸次恢復生態平衡,但其微生物生態可能已改變,如微生物潛在病原性可能誘發危害人畜。微生物潛在病原性之誘發與其數量具有必然相關,在使用微生物製劑必須加以考量。
特定功能基因的利用與基因轉殖微生物
傳統微生物的利用,是利用微生物的特定功能,從基因點加以分析,此特定功能必然與特定基因具關聯性,可能為一特定基因或一群基因之表現產生此特定功能;比如纖維分解微生物之可以分解纖維,因為此微生物可以產生纖維分解酵素Cellulase or Xylanase,此纖維分解酵素可以分解纖維;在基因層次,即此微生物至少應具一相對纖維分解基因。以分子生物學的研究,可以確定基因決定一切。將此等基因選殖出來,加以適當改造、組合,轉殖至另一微生物,此轉殖微生物即具有此一特定功能;亦即將纖維分解基因選殖,轉殖至另一不能分解纖維之微生物,此“纖維分解基因轉殖微生物Gene-Transformed Cellulolytic Microbes”即可分解纖維。類同的“基因轉殖微生物”可以此方式構築。
“基因轉殖微生物Gene-Transformed Cellulolytic Microbes”的構築概念即從傳統微生物的利用、加以衍伸改變,從利用微生物及利用微生物的特定功能,從利用微生物及利用微生物的特定功能,延伸至利用微生物的特定基因與其功能。前述利用微生物的潛在病原性,在大量應用可能危害人類健康安全,如若構築“基因轉殖微生物”,可以選擇適當安全之微生物菌種作為基因轉殖之寄主,將特定功能基因轉殖入寄主微生物;在“基因轉殖微生物”的構築過程可以嚴加控制,如此在製成“微生物製劑”應用時,可以更安全適當管控、並強化其特定功能達到生產利用的目的。
如何構築“基因轉殖微生物”以生物技術的原理與方法構築。利用已知之生物資訊,蒐尋特定功能之基因,以PCR方法將此特定功能之基因選殖出來;亦可建構基因庫Genome Library將特定基因選殖出來。再建構於特定質體Plasmid上,給予必要與適當構築,使此質體可以啟動基因之表現,轉殖入選定之寄主微生物,檢測此基因轉殖微生物其功能以確定此轉殖基因之功能;以目前所知,基因轉殖予以適當構築皆可在寄主微生物啟動表現。以簡單例子予以描述:
Xanthomonas campestris為一植物病原性微生物,已知其具纖維分解能力,在突變實驗中確定其一Cellulase Gene Xcc3521為纖維分解之基因,將此基因轉殖入E.Coli,此基因轉殖E.cli具有纖維分解功能。檢視X.campestris genome可以發現X.campestris具有9個Cellulase Genes,5個Xylanase Genes(如下),其纖維分解功能不盡相同。